《洞洞杂货店》是一部温馨又带点奇幻色彩的治愈系漫画，与《洞洞杂货铺》设定相似但故事独立。它聚焦于小镇尽头一家名为“洞洞”的杂货店，店主是一位能看见他人记忆碎片的沉默少年阿辰。他经营这家店，不是为了赚钱，而是为了帮助那些内心有“空洞”的人。每一个走进店里的顾客，都能在阿辰的引导下，找到一件能填补内心空虚的旧物，从而解开深藏的心结。
一位过气的钢琴家来到店里，阿辰卖给他一本泛黄的琴谱。当他弹奏起来时，惊讶地发现这竟是他亡母生前最爱的曲子，那一刻，他找回了对音乐最纯粹的热爱。
一位老奶奶拿着一个停摆的怀表来修，阿辰告诉她，这表需要的是“记忆”作为动力。在老奶奶讲述自己与已故丈夫的故事时，怀表竟奇迹般地重新走动起来。
一个失忆的青年在店里发现了自己的日记本，里面一片空白。阿辰让他触摸本子，青年的脑海中瞬间浮现出他不愿想起的往事，最终他决定勇敢面对，重新开始。
一个事业有成的中年人买下一把生锈的钥匙，阿辰告诉他这把钥匙能打开他故乡老屋的门。中年人回到阔别已久的家乡，在废弃的老屋里找到了自己遗失的初心。
一位孤寡老人来为他的猫买玩具，阿辰选了一个旧毛线球。老人抱着毛线球，想起了已故的妻子，她生前最爱为他织毛衣。他不再孤独，因为爱从未离开。
一个神秘的女人来到店里，点名要见阿辰。她带来了一张阿辰儿时的全家福，这揭开了阿辰为何能看见记忆碎片的秘密，也让他第一次流下了眼泪。